Необычное в истории театра начинается с самого начала: у Московского театра «Эрмитаж» два дня рождения. Государственное бюджетное учреждение культуры города Москвы «Московский театр Эрмитаж» создано на основании приказа Исполнительного комитета Московского городского совета народных депутатов от 26 ноября 1987 г. №490 (исторически день рождения театр отмечает на следующий день 27 ноября). Однако свою историю театр ведёт с момента основания Московского театра миниатюр, открывшегося 16 сентября 1959 года премьерой «Итак, мы начинаем!».

При желании можно отступить ещё на полвека назад и пристальнее вглядеться в историю знаменитого здания театра «Эрмитаж» в Каретном ряду. Оно расположено в самом сердце одноимённого сада, созданного в 1894 году московским купцом Я.В. Щукиным, и помнит многих великих деятелей искусств XX века: именно здесь 14 октября 1898 года открылся Московский Художественный театр, в 1913 — Свободный театр Марджанова, где состоялась первая встреча Александра Таирова и Алисы Коонен. В начале 20-х годов на этой сцене Сергей Эйзенштейн осуществил свою первую постановку — спектакль «Мексиканец». В 1947 году здание театра было в последний раз капитально реконструировано, и здесь открылся кинотеатр «Эрмитаж». В 1950-е годы на площадках сада «Эрмитаж», в том числе и в театре, выступали признанные звёзды отечественной эстрады: Николай Павлович Смирнов-Сокольский, Клавдия Ивановна Шульженко, Леонид Осипович Утёсов, Аркадий Исаакович Райкин, Илья Семёнович Набатов, Мария Владимировна Миронова и Андрей Семёнович Менакер (знаменитый дуэт «Миронова и Менакер») — артисты различных жанров, соединение которых в рамках единого концерта неизменно вызывало огромное стечение публики и оглушительный успех. Нередко в «Эрмитаже» выступали гости из других стран с концертами, вечерами, спектаклями.

16 сентября 1959 года знаменитый сатирик Владимир Поляков создал Московский театр миниатюр (сначала назывался Московский Новый театр миниатюр), в котором в разные годы работали Владимир Высоцкий, Леонид Енгибаров, Марк Захаров, Рудольф Рудин, Зиновий Высоковский и другие. С этого года театр уже не прерывал своей работы, каждый сезон приветствуя зрителей на новых спектаклях.

В конце 70-х годов в Театр миниатюр пришёл молодой режиссёр Михаил Захарович Левитин. За несколько лет благодаря своим постановкам — «Когда мы отдыхали…» по Михаилу Жванецкому (1978) «Чехонте в „Эрмитаже“» по Антону Павловичу Чехову (1981), особенно «Хармс! Чармс! Шардам! или Школа клоунов» по Даниилу Хармсу (1982) и другим последующим, он буквально пересоздал театр заново. Не разрушил старое, но изменил главное — вектор движения театра и его коллектива в сторону особой авторской эстетики, новой манеры существования – яркой и подчас эксцентричной. Он принёс на сцену лучшие образцы по-настоящему великой литературы, авторов, которых, мягко говоря, не так просто было встретить на театральных афишах того времени (один только спектакль «Хроника широко объявленной смерти» объединил на афише Курта Воннегута, Юрия Трифонова, Альберто Моравиа и Габриэля Маркеса). В разные годы в театре шли спектакли по произведениям удивительных писателей 20-х годов XX века: Даниила Хармса, Александра Введенского, Юрия Владимирова, Николая Олейникова, Евгения Шварца и других.

В 1987 году театр Миниатюр был переименован в «Московский театр Эрмитаж», а Михаил Левитин стал его художественным руководителем.

За годы существования театра для спектаклей «Эрмитажа» писали музыку Альфред Шнитке, Владимир Дашкевич, Юлий Ким, Андрей Семёнов. Декорации создавали художники Гарри Гуммель, Давид Боровский и Александр Боровский, Борис Мессерер, Сергей Бархин. Без малого сорок лет многие афиши театра создаёт один их самых ярких и авторитетных мастеров российского графического дизайна Евгений Добровинский, в настоящее время главный художник театра.

Это театр, с успехом гастролировавший в США, Канаде, Голландии, Израиле, Италии, Германии, Белоруссии, Польше, Франции, Швейцарии, Литве, Эстонии, Колумбии, Эквадоре, Бразилии, Уругвае, Парагвае, на Коста-Рике и Кубе.

Но были и трагические страницы в истории театра. В 1993 году в театре случилось два пожара. Из-за выгодного расположения здания театра, его неоднократно пытались закрыть, отобрать. В истории театра есть место и голодовке в знак протеста против закрытия театра (1993 год, после пожара), и письмам с угрозами художественному руководителю Михаилу Левитину, и многому другому. В 2016 году из-за трагического стечения обстоятельств рухнул склад театра, большая часть архива, декорации некоторых спектаклей, многие костюмы оказались утраченными…

В настоящее время историческое здание театра в Каретном ряду закрыто на ремонт и реконструкцию. Поэтому с 2016 года театр временно обосновался на другой площадке по адресу Новый Арбат 11, фактически став ещё ближе к центру столицы. Здесь был создан целый ряд новых больших премьер: «Свадьба Кречинского…» по А. В. Сухово-Кобылину, «Дон Кихот» по М. де Сервантесу, «Цари» по А. С. Пушкину и С. А. Есенину, «Меня нет дома» (завершение трилогии спектаклей по Даниилу Хармсу), «Новый Мокинпотт» по Петеру Вайсу, «Путешествие на Багровый остров» по Михаилу Булгакову. Параллельно с этими постановками, осуществлёнными художественным руководителем театра, существует и проект «Театр Михаила Левитина глазами его учеников», объединяющий такие полюбившиеся зрителями спектакли как «Стакан воды» по Э. Скрибу, «Маленькое воскресное приключение» по В. Катаеву, «Поклонницы» по И. Башевису-Зингеру, «Я, Лёня Енгибаров» по Л. Енгибарову. Также необходимо отметить и ряд замечательных спектаклей, созданных для маленьких зрителей театра и пользующихся неизменной популярностью как на сцене «Новый Арбат 11», так и на многочисленных гастролях. Это «Калиф-аист» по В. Гауфу (6+), «Лёля и Минька в Школе клоунов» по Михаилу Зощенко (6+), «Сказы нянюшки Арины» по сказам и преданиям, «Старик Хоттабыч» по Л. Лагину (6+), «Три Толстяка» по Ю. Олеше (12+), «Цветик-семицветик» по В. Катаеву (6+).

Сегодня театр «Эрмитаж» — это образец подлинно авторского театра, театра-дома, в котором живут и играют люди одной веры. Это театр, ставящий Пушкина и Гоголя, Сухово-Кобылина и Булгакова, Маяковского и Эрдмана, Шекспира и Мольера, Брехта и Маркеса, и многих других. В репертуаре больше двадцати спектаклей, идёт работа над новыми постановками.